XVI դարից սկսած՝ Զեյթունի բնակչությունը զենքը ձեռքին մաքառել է իր անկախության համար և ապահովել կիսանկախ վիճակ Օսմանյան կայսրությունում։Օսմանյան բռնապետության դեմ ամենանշանավոր ընդվզումներից է զեյթունցիների 1862 թ-ի ինքնապաշտպանությունը. առիթը հայերի և թուրքերի միջև ծագած հողային վեճերն էին: Հուլիսի սկզբին Մարաշի կառավարիչ Ազիզ փաշան, 10-հզ-անոց կանոնավոր զորքի և բաշիբոզուկների ամբոխի գլուխ անցած, արշավել է դեպի Զեյթուն: Ավերելով տասնյակ գյուղեր և կոտորելով խաղաղ բնակիչներին՝ թուրքական զորքերը հուլիսի 28-ին պաշարել են Զեյթունը: Ապարդյուն բանակցություններից հետո հայերը դիմել են ինքնապաշտպանության: Օգոստոսի 2-ին թուրքական զորքերը (40 հզ.) մի քանի ուղղությամբ գրոհել են Զեյթունը: Զեյթունցիների 7-հզ-անոց ինքնապաշտպանական ուժերը բաժանվել են ջոկատների՝ Զեյթունի 4 թաղապետների գլխավորությամբ: Նրանք ոչ միայն հետ են մղել թշնամու բազմաթիվ գրոհները, այլև, հարձակման անցնելով, պարտության են մատնել Ազիզ փաշայի բանակին: Սակայն միջամտել է ֆրանսիական կառավարությունը, որն Օսմանյան լծի տակ գտնվող ժողովուրդների ազգային-ազատագրական պայքարն օգտագործում էր սեփական նվաճողական նպատակներով, և Զեյթունի խնդիրը լուծվել է «խաղաղությամբ»: 1877–78 թթ-ի ռուս-թուրքական պատերազմը հնարավորություն չէր տալիս թուրքական ուժերին ճնշելու ապստամբությունը: Հայերը փորձեցին կապ հաստատել Արևմտյան Հայաստանում գործող ռուսական զորքերի հետ՝ զենք ստանալու նպատակով, սակայն ապարդյուն: Պատերազմից հետո թուրքական կառավարությունն ուժեր կենտրոնացրեց և կարճ ժամանակ անց գրավեց Զեյթունը: 400 ապստամբ` իշխան Պապիկ Ենիտունյանի (Նորաշխարհյան) գլխավորությամբ, բարձրացավ լեռները և շարունակեց պայքարը:
1895 թ-ին՝ Արևմտյան Հայաստանում և Թուրքիայի հայաբնակ վայրերում աբդուլհամիդյան կոտորածների ժամանակ, Զեյթունը դարձյալ դիմեց ինքնապաշտպանության: Օգոստոսին, թուրքական ճնշման ուժեղացման պայմաններում, Զեյթունի ազգային ժողովը որոշեց քաղաք փոխադրել շրջակա գյուղերի բնակչությանը, դուրս շպրտել թուրք պաշտոնյաներին, պատրաստվել դիմադրելու թուրքական ուժերին: Շուրջ 10 հզ. հայ կենտրոնացավ Ֆռնուզ գյուղում: Մարաշի հայերի` 1895 թ-ի հոկտեմբերի կոտորածներից հետո թուրքական 50–60-հզ-անոց զորքը շարժվեց դեպի Զեյթուն: Ապստամբներին առաջնորդում էր Նազարեթ Չավուշը, իսկ ժամանակավոր կառավարության ընդհանուր ժողովի նախագահը Աղասի (Կարապետ) Թուրսարգսյանն էր (հնչակյան). նրանց գլխավորությամբ զեյթունցիները (6 հզ. մարդ) ավելի քան 2 ամիս դիմադրեցին թուրքական բանակին: Չկարողանալով գրավել Զեյթունը՝ թուրքական կառավարությունը հարկադրված բանակցության ուղարկեց օտարերկրյա 4 հյուպատոսի: Կնքվեց համաձայնագիր: Թուրքական զորքերը հեռացան գավառից, ներում շնորհվեց ապստամբած հայերին, նշանակվեց քրիստոնյա կառավարիչ (ազգությամբ` հույն), բնակչությունը 3 տարով ազատվեց հարկերից:
1915–16 թթ-ին զեյթունցիները վերստին դիմեցին ինքնապաշտպանության, որը, սակայն, ավարտվեց անհաջողությամբ: 1915 թ-ի մարտին Զեյթունի հայերը բռնի տեղահանվեցին և քշվեցին Դեյր էզ Զորի անապատը: Նրանց մեծ մասը կոտորվեց, փրկվածները տարագրվեցին:
Առաջին աշխարհամարտում (1914– 1918 թթ.) Թուրքիայի պարտությունից հետո ֆրանսիական զորքերը գրավել են Կիլիկիան: 1919 թ-ի օգոստոսին Զեյթունի և շրջակա գյուղերի 1050 բնակիչներ վերադարձել են իրենց բնօրրանը, հիմնել Ազգային խորհուրդ՝ Արամ Չոլաքյանի գլխավորությամբ: Բայց 1921 թ-ի հունիսին զեյթունցիները ստիպված էին ընդմիշտ լքել իրենց քաղաքը:
Զեյթունի իրադարձությունները լայն արձագանք գտան հայ իրականության մեջ և բազմաթիվ հայ գրողների` Մկրտիչ Պեշիկթաշլյանի, Նահապետ Ռուսինյանի, Սմբատ Շահազիզի, Հարություն Չաքրյանի, Սիամանթոյի, Դանիել Վարուժանի, Հովհաննես Թումանյանի, Րաֆֆու, Մուրացանի և ուրիշների գործերում, իսկ ժողովուրդը հյուսել է երգեր: Մեծ եղեռնը վերապրած և 1946 թ-ին հայրենիք ներգաղթած զեյթունցիները Երևանի հյուսիսային մասում հիմնադրել են Զեյթուն թաղամասը (այժմ՝ Քանաքեռ-Զեյթուն վարչական տարածքում):